Действие "Темных вод" начнется через несколько лет после событий, описанных в первой части игры.
Протагонист, которым все так же остался Безымянный, проводит время в тавернах на острове Кальдера.
Внешность ГГ несколько изменилась, по отношению к первой части: волосы его отросли, на глазу повязка, скрывающая последствия использования Окуляра инквизитора Мендосы, оставшиеся с прошлой части.
После спасения островка Фаранги и победы над Огненным Титаном, в мире мало что изменилось: остальная земля все так же раздирается другими Титанами, да к тому же еще и появилась целая куча других монстров, которые, в частности, нападают на корабли, вышедшие в море; связь между островами потеряна.
Безымянный, видя, что его заслуг мало и надо бороться с еще большими силами противника, не находит ничего лучше как начать пить.
Именно в таком виде его и находит бывший комендант Харбор-Тауна Карлос, который стал верховным инквизитором ордена.
Он предлагает герою немного подзаработать, отправив его на берег разбирать остатки потерпевшего крушение корабля.
Именно во время этого занятия Безымянный встречает Пэтти, дочь капитана Грегориуса Стальная Борода из первой части, которая, как оказывается, выжила в ходе последнего кораблекрушения. Именно Пэтти и рассказывает ГГ о том, что пиратам известен способ безопасно плавать по морям, не подвергаясь нападениям морских чудовищ.
Заручившись поддержкой Карлоса, Безымянный вместе с Пэтти отправляются на поиски ее отца, который должен помочь им остановить окончательное разрушение мира.

Сегодня мы представляем вам выдержку из журнала коменданта инквизиции Карлоса. Из его хронологических записей можно почерпнуть ценную информацию об истории мира. О судьбе поверженных и потерянных территорий и стран. Что было? Что происходит? И что же будет?..

"Все началось с того, что по земле прошла темная волна и боги покинули мир. Печати древних подземелий потеряли силу, и заключенные в них Титаны вышли на свободу. И они восстали. Освободившись, разъяренные Титаны начали мстить и разрушать мир. Но это было только начало.

Вместе с Титанами поднялись и те, кто когда-то были их хозяевами. Повелители Титанов. Они вспомнили свою магию и вновь подчинили себе Титанов. Гнев, вызванный изгнанием, и жажда власти привели к войне. И начавшаяся война уничтожила Старую империю.

Выжившие бежали в поисках безопасного места. Не все уголки мира, не все острова были уничтожены. Фаранга, остров далеко на востоке океана, уцелела. Но что сталось с теми, кто не смог покинуть Старую империю? Есть ли для них какая-то надежда?"

Записи Карлоса, коменданта инквизиции